Kedatangan Cornelis de Houtman bersama armadanya di Banten semula disambut baik dan tidak ada masalah dengan penduduk maupun penguasa setempat.
Belakangan, setelah awak kapal Belanda memperlihatkan tabiat kasarnya, Sultan Banten, mulai tidak menyukai mereka. Bersama petugas Portugis yang ada di Banten, Sultan Banten mengusir kapal Belanda tersebut.
Terusir dari Banten, ekspedisi Cornelis de Houtman berlanjut menyisir utara pantai Jawa. Sesampai di Madura, awak armada kapal ekspedisi de Houtman bentrok dengan orang Madura yang mengakibatkan terbunuhnya seorang pangeran di Madura.
Beberapa awak kapal Belanda kemudian ditangkap dan ditahan, sehingga de Houtman terpaksa harus membayar denda untuk melepaskan teman-temannya itu.
Lepas dari Madura, armada Cornelis de Houtman bergerak berlayar menuju Bali, dan bertemu dengan raja Bali. Di pulau ini mereka berhasil memperoleh beberapa pot merica pada 26 Februari 1597.