Sementara sepeninggal Pati Unus yang mati terbunuh di medan laga, posisi Sultan di Kerajaan Demak diambil alih Pangeran Trenggana, adik dari Pati Unus.
Sultan Trenggana yang berkuasa dari tahun 1521-1546, tercatat sebagai raja terbesar Kerajaan Demak. Sultan Trenggana mengakhiri masa jabatannya sebagai Sultan Demak akibat terbunuh saat berusaha menaklukkan Blambangan di Panarukan, tahun 1546.
Sepeninggal Trenggana, Kesultanan Demak dipimpin Sunan Prawoto atau Sultan Prawoto. Sunan Prawoto adalah putera Sultan Trenggana yang memerintah Kesultanan Demak dari tahun 1546-1549
Sunan Prawoto meninggal tahun 1549 setelah dibunuh orang suruhan Arya Penangsang, anak Pangeran Surowiyoto dalam konflik perebutan kekuasaan di Kesultanan Damak.
Sepeninggal Sunan Prawoto, yang disusul kematian Pangeran Hadliri, -keduanya dibunuh orang suruhan Arya Penangsang-, Kadipaten Jepara yang wilayahnya meliputi Jepara, Pati, Juwana, dan Rembang, dipimpin Retno Kencana atau Ratu Kalinyamat, isteri Pangeran Hadliri.
Sejak saat itu Jepara tidak lagi menjadi bawahan Demak dan berdiri sebagai kerajaan berdaulat. Di masa kepemimpinan Ratu Kalinyamat, Jepara atau Kerajaan Kalinyamat memiliki armada angkatan perang yang tangguh.
Ratu Kalinyamat berkuasa selama kurang lebih 30 tahun. Perempuan yang dikenal dengan Topo Wudo_nya ini diakui sebagai pemimpin pemberani.
