Pengganti Sultan Trenggono adalah Sunan Prawoto yang bertahta dari tahun 1546–1547. Naiknya Sunan Prawoto ke tampuk Kerajaan Demak, ternyata tidak dikehendaki oleh sepupunya, Arya Penangsang.
Arya Penangsang yang ketika itu sebagai Adipati Jipang, yang juga berkeinginan menjadi Raja Demak, berusaha menyingkirkan Sunan Prawoto dari tampuk kekuasaan Demak.
Lewat tangan orang suruhannya, Arya Penangsang lalu menghabisi Sunan Prawoto, dan menduduki tahta Kerajaan Demak.
Peristiwa pembunuhan Sunan Prawoto oleh orang suruhan Arya Penangsang, ternyata tidak berhenti hanya sampai di situ saja. Kepemimpinan Arya Penangsang sebagai raja di Kerajaan Demak yang bertahta dari tahun 1547 – 1554, ternyata dihadapkan pada persoalan tuntutan penyeleaian kasus pembunuhan Sunan Prawoto.
Ratu Retno Kencono atau Ratu Kalinyamat, yang merupakan adik dari Sunan Prawoto, menuntut kasus pembunuhan itu diselesaikan.
Ratu Kalinyamat yang menemukan keris menancap di jasad Sunan Prawoto, dijadikan bukti atas keterlibatan Sunan Kudus dalam peristiwa itu.