Karena itu Ratu Kalinyamat bersama suaminya Sultan Hadliri atau Pangeran Kalinyamat mendatangi Sunan Kudus bemaksud meminta penjelasan sekaligus keadilan atas kematian Sunan Prawoto.
Bersama suaminya Sultan Hadliri, Ratu Kalinyamat kemudian berangkat ke Kudus untu meminta penjelasan kaitan dengan keris Kiai Betok yang menancap di jasad Sunan Prawoto.
Keris Kiai Betok yang ditemukan Ratu Kalinyamat menancap pada mayat kakaknya itu adalah milik Sunan Kudus.
Sunan Kudus juga sebagai pendukung Arya Penangsang dalam konflik perebutan takhta sepeninggal Raja Demak kedua, Sultan Trenggana, pada tahun 1546.
Mendapat pengaduan dari Ratu Kalinyamat soal kematian Sunan Prawoto yang dijasadnya ditemukan keris miliknya, Sunan Kudus malah mengatakan, bahwa semasa muda Sunan Prawata juga pernah membunuh ayah Arya Penangsang, yang bernama Pangeran Surowiyoto alias Sekar Seda Lepen, karena itu dianggap wajar kalau akhirnya Sunan Prawoto juga mendapat balasan setimpal.
Mendengar penjelasan dan sikap Sunan Kudus yang seperti itu Ratu Kalinyamat kecewa. Ia dan suaminya langsung memilih pulang ke Jepara.